İstanbul Üniversitesi’nde Uluslararası İlişkiler ve Sosyoloji, Bakırköy Türk Musikisi Vakfı Konservatuarı’nda Türk musikisi öğrenimi gördü. 2001 yılından itibaren çeşitli yayınevlerinde editör, yayın yönetmeni ve çevirmen olarak çalıştı. Kemal H. Karpat’ın daha önce Türkçe’de yayınlanmamış makalelerini sekiz kitap halinde derledi, çevirdi ve yayına hazırladı. Editörlüğünü yaptığı birçok kitabın yanı sıra, şimdiye dek sosyal bilimlerin farklı dallarında çok sayıda kitap tercüme etti. Bunlar arasında Daniel Goffman, Virginia Aksan, Carter Findley, Arnaldo Momigliano, Werner Jaeger, Asin Palacios, James Gelvin, Isaiah Berlin gibi isimlerin kitapları yer almaktadır.

Türk ve Rus modernleşmesi, oryantalizm, post-kolonyalizm, edebiyat ve müzik sosyolojisi gibi alanlarda ulusal ve uluslararası hakemli dergilerde çeşitli makaleler ve kitap bölümleri kaleme aldı. Musiki İnkılabı’nın Sosyolojisi: Klasik Türk Müziği Geleneğinde Süreklilik ve Değişim kitabıyla Kültür Bakanlığı Güzel Sanatlar Genel Müdürlüğü ve Beyoğlu Belediyesi tarafından 2015 yılında “Yılın Türk Müziği Yazarı ve Kitabı” dalında Itrî Ödülü’ne layık görüldü. Aynı zamanda Dostoyevski’de Batı Sorunu, Barbar Batı: Bir Aimé Césaire Kitabı, Müziği Boğan Gürültü: İdeolojinin Kıskacında “Musiki” ve Müzik Sosyolojisi: Kuramsal Bir Giriş adlı kitapların yazarıdır.

Etnomüzikoloji Derneği kurucu üyesi olan Güneş Ayas, 2012 yılından beri Yıldız Teknik Üniversitesi İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü’nde öğretim üyesi olarak çalışmaktadır.